Школа функционирует 112 лет. Здание школы спроектировано архитектором Айвазовым и построено в 1910 г. Первоначально в нем располагалось управление Армавир – Туапсинской железной дороги и школа для детей железнодорожников. В первые годы существования школы предполагалось разделение на женскую и мужскую половины и наличие священнослужителей русской и армянской религий.
До 24 июня 1988 года школа именовалась средней школой № 49 Северо-Кавказской ордена Ленина железной дороги. Далее решением Армавирского городского совета народных депутатов № 229 от 24.06.88 г. На основании письма Совета Министров РСФСР от 01.07.1985 г. № 8467/14, приказа начальника Северо-Кавказской железной дороги № 144 Н от 12.09.1985 г, приказа отдела народного образования Краснодарского края исполкома от 16.01.1987 г. № 15 «О передаче школ отдела учебных заведений Северо-Кавказской ордена Ленина железной дороги в ведение отделов народного образования Краснодарского Крайисполкома» передана на баланс отдела народного образования Кировского райисполкома г. Армавира и присвоен школе номер 5. В 1995 году школа Постановлением главы администрации города Армавира Краснодарского края № 2052 от 30.11.95г. «О государственной регистрации (перерегистрации) предприятия (организации)» и Решения комитета по управлению имуществом № 92 от 22.11.95г. «Об учреждении МСОШ №5», получила название муниципальной средней общеобразовательной школы №5. В 2001 году школа переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение – среднюю общеобразовательную школу №5.
